Attenzione: Seguono spoiler non marcati.
Sembra che ci siano quattro diversi componenti a cui ti stai rivolgendo qui, quindi chiarirò le differenze per ognuno di essi.
Van Hohenheim
Van Hohenheim , noto anche come schiavo #23 , era un cittadino di Serse e un normale essere umano che veniva impiegato dall'alchimista del re Serse. Questo alchimista era uno sperimentatore e riuscì a creare un essere, il Nano nella Fiasca, come risultato dell'alchimia.
Il Nano diede un nome allo schiavo, Van Hohenheim, prima di allearsi con lui per trasformare i cittadini di Serse in una pietra filosofale. Una volta che questo ha avuto successo, Hohenheim, come umano, aveva più di 500.000 anime nel suo sangue, dandogli un grande potere. Quindi, pur essendo un vero essere umano, è anche una pietra filosofale.
Homunculus (in the Flask)
Homunculus , meglio conosciuto come Nano nella Fiasca , è stato creato dall'alchimista del Re (come brevemente menzionato sopra). Questo alchimista (che non viene nominato) stava sperimentando con la Porta , e portò fuori un po’ dell'essenza di “Dio” per creare il Nano nella Fiasca, il primo vero homunculus. Non ha forma fisica e può risiedere solo all'interno della fiaschetta di vetro in cui è stato creato.
Padre
Padre è il risultato della mescolanza del Nano con il cerchio di trasmutazione Xerxes: Il Nano nella Fiasca ha usato parte del potere della trasmutazione Xerxes risultante per darsi un falso corpo umano (basato su quello di Hohenheim). Come afferma Hohenheim, il Padre ha iniziato come nient'altro che lo stesso Nano, contenuto in una “fiaschetta” umana (piuttosto che in una di vetro).
Come si vede nella serie, in seguito si evolve abbastanza sostanzialmente; è colui che inghiotte Dio, e diventa l'essere finale. Tuttavia, egli non è un vero umano; rimane un homunculus (un umano fabbricato).
Gli Homunculi
Gli homunculi sono esseri (falsi umani) creati dal sangue del Padre, che è essenzialmente una pietra filosofale in forma liquida. Gola, Invidia, Lussuria, Accidia e Orgoglio sono tutti creati fabbricando i corpi umani in cui risiedono e alimentando i loro corpi con le anime della pietra filosofale del Padre.
Greed (almeno, il secondo) e Wrath sono entrambi già umani, e hanno anime messe in loro. Infatti, Hohenheim e Greed-Ling non differiscono nelle loro capacità, essenzialmente. Entrambi hanno la vita prolungata dalle loro pietre filosofali, ed entrambi hanno veri corpi umani. Wrath non è diverso, tranne per il fatto che ha solo un'anima nella sua pietra , e quindi non può rigenerarsi, e inoltre invecchia col tempo.
Riassunto
Van Hohenheim, un umano, ha inconsapevolmente assistito l'Homunculus (il Nano nella Fiasca), nell'usare la popolazione di Xerxes per riempire il proprio corpo con migliaia di anime, dando al Nano il falso corpo umano che vediamo come Padre. Il Padre usa poi i poteri della sua pietra per creare gli homunculi, i sette peccati che vediamo. Greed-Ling e Wrath sono proprio come Hohenheim, solo che hanno le loro debolezze.