Chi era Archer?

A differenza degli altri spiriti eriotici (Aurthur, Alessandro Magno, ecc.), Archer è:

Shirou Emiya di una futura linea temporale alternativa che ha stipulato un contratto con Gaia ed è diventato lo Spirito Eroico Emiya, agendo come il Counter Guardian del mondo per adempiere al suo contratto.

C'erano accenni a questo quando Archer vide Shirou per la prima volta perché:

Voleva volutamente essere convocato in un'epoca in cui il giovane Shirou Emiya sarebbe stato in giro per la guerra del Graal in modo che uccidere la versione più giovane di se stesso potesse causare un paradosso che avrebbe rotto il suo contratto.

Quindi la semplice risposta alla tua domanda è che:

Archer è la versione futura di Shirou Emiya.

Prima di tutto, va detto che Archer è un Contro Guardiano e non uno Spirito eroico. È un agente di Gaia (la volontà della Terra) e non è immagazzinato nel Trono degli Eroi come gli altri partecipanti alla Guerra del Santo Graal.

La vera identità di Archer è quella di:

Emiya Shirou da una linea temporale alternativa della Via del Fato (Via della Sciabola), dove andò in disperazione dopo la morte di Illyasviel un anno dopo la guerra. Ha cercato di diventare un eroe salvando la maggioranza uccidendo la minoranza (come suo padre, Emiya Kiritsugu). Alla fine le persone che ha salvato gli si sono rivoltate contro e lo hanno evitato, gettandolo ancora di più nella disperazione, culminando nel sacrificio della sua vita con un patto con Gaia per diventare un Contro Guardiano in cambio della vita di qualche centinaio di persone. Viene convocato in guerra con il ciondolo che portava sempre con sé e che Rin usava per salvarlo come catalizzatore, dato che Rin non aveva un catalizzatore.

Se volete una risposta più approfondita, giocate al romanzo visivo, poiché la seconda via, Unlimited Blade Works, ruota principalmente intorno a lui e a Shirou.