Quando Naruto creò per la prima volta il Rasen-Shuriken, la tecnica era completata solo a metà. Non era abbastanza stabile per essere lanciata, quindi Naruto deve usarla come attacco in mischia come il Rasengan standard. Tuttavia, il contraccolpo del jutsu è estremamente pericoloso.
Quando il Rasen-Shuriken colpisce, si dissolve in una vera e propria armata di microscopiche lame di vento che attaccano ogni cellula del corpo dell'avversario, recidendo la rete Chakra della vittima. Tuttavia, a causa della sua vicinanza al punto di impatto, Naruto sperimenta postumi simili nel braccio che ha impugnato la tecnica. Anche se il danno alla sua rete di Chakra non era così grave, se usato troppo, avrebbe reso Naruto permanentemente incapace di modellare il Chakra.
Tuttavia, dopo che Naruto impara ad entrare in modalità Sage, può usare il Chakra Sage per stabilizzare la forma del Jutsu, permettendo di lanciarlo come un vero shuriken. Questo vale anche per quando Naruto ottiene il controllo del Chakra delle Nove Code.
Come tecnica a lungo raggio, il Rasen-Shuriken non rappresenta più alcun pericolo per Naruto.